利用真空凍干機冷凍干燥技術進行食品加工時，需要對幾個關鍵問題加以關注，否則不僅會直接影響加工產品的質量，還可能導致能源浪費。根據目前國內外對真空冷凍干燥技術的研究熱點問題及其研究進展進行了綜述和探討，為食品中應用真空冷凍干燥技術提供參考。
　　共晶點和共熔點是真空凍干機凍干中需要考慮的重要物性參數，直接影響凍干產品質量，因此，在開展食品真空冷凍干燥工藝之前，首先要清楚食品的共晶點和共融點，才能針對性的制定食品物料凍結的合理工藝參數，提高產品質量，縮短凍干時間，降低能耗。
　　食品的塌陷溫度也叫崩解溫度，是指在凍干升華階段，隨著溫度上升，產品失去剛性，開始變粘，發生類似塌方的崩解、熔化或產生發泡現象時的溫度，凍干過程中發生塌陷會嚴重影響產品品質，因此需要在食品物料凍干過程中防止塌陷的發生，塌陷主要與產品工藝和物料本身性質有關。不同的凍干參數會對塌陷發生產生影響，利用凍干顯微鏡研究了溶液冷凍干燥過程中降溫速率、升華壓力、溶液質量分數對干燥層塌陷溫度的影響，結果表明對于10%的蔗糖/水二元溶液，降溫速率對塌陷溫度無明顯的影響;而對于10%叔丁醇/10%蔗糖/水三元溶液，塌陷溫度隨降溫速率增大而顯著降低;壓力對塌陷溫度影響不大;溶液質量分數不同，塌陷溫度略有變化。但可以通過優化工藝減少塌陷發生，漂燙預處理和硬化預處理可減緩凍干產品的塌陷程度，冷凍速率對產品品質影響不大，但冷凍時間不足會造成凍干產品塌陷。
　　真空凍干機的干燥速率和能耗決定著食品中應用真空冷凍干燥技術的成本問題，通常情況下，物料的干燥速率和能耗有直接關系，干燥速率越快，耗時越短，耗能則越低。高能耗問題仍然是真空冷凍干燥技術在食品中應用的瓶頸問題，目前，通過工藝優化的方法來提高食品干燥速率、降低能耗。