藥品的產量對自動上料和卸料系統的選擇有決定性的作用，以下是一些簡單的原則：一條灌裝線配一臺小型凍干機，采用行式自動裝料和卸料系統，省空間，低投入；一條灌裝線配多臺小型凍干機，需使用多臺行式自動裝料和卸料系統，或批裝料和卸料系統及平板式裝料和卸料系統；一條灌裝線配多臺小型凍干機，這是平板式裝料和卸料系統的典型應用，在這種情況下多量小車可以根據自己的特殊情況任意調配，靈活機動；系統所使用的材料必須符合無菌衛生等級的需要，邊框和外包必須是不銹鋼，導向桿，傳動輪等非金屬材料一般使用超高量聚乙烯體。
　　小型凍干機自動裝料和卸料系統的控制一般是使用可編程邏輯器來控制，并帶有數據控制和數據獲取系統。小型凍干機自動裝料和卸料系統和小型凍干機之間一般是采用數據總線或以太網來傳輸的，人機界面應是標準的主控制途徑。
　　雖然有了*可靠的自動裝料和卸料系統，但是為了保證制品的質量和安全性，一些必要的驗證也是必須實施的。例如，設計者不允許將溫度探頭放在制品中來檢測整個凍干的過程。因為使用自動上料和卸料系統的目的是為了杜絕操作人員給制品帶來的污染，但如果你要將溫度探頭放入制品中，那么就必須讓操作人員進入無菌室來完成這項操作而導致污染制品。
　　小型凍干機的自動裝料和卸料系統能zui大限度的減少制品的污染，并且有效的控制生產的成本。系統有三種不同的上料形式，從長遠的角度來考慮，這是一個能使生產更快捷、更的解決方案。