制冷系統在真空冷凍干燥機中起到非常重要的作用，真空冷凍干燥機的制冷系統主要是采用壓縮機制冷系統， 在冷凍干燥機的制冷系統中，蒸發器是輸送冷量的設備,制冷劑在其中吸收壓縮空氣的熱量，實現脫水干燥的目的。

1、 制冷壓縮機將蒸發器內的低壓（低溫）制冷劑吸入壓縮機汽缸內，制冷劑蒸汽經過壓縮，壓力、溫度同時升高；高壓高溫的制冷劑蒸汽被壓至冷凝器，在冷凝器內，溫度較高的制冷劑蒸汽與溫度比較低的冷卻水或空氣進行熱交換，制冷劑的熱量被水或空氣帶走而冷凝下來，制冷劑蒸汽變成了液體。這部分液體再被輸送至膨脹閥，經過膨脹閥節流成了低溫低壓的液體并進入蒸發器；在蒸發器內低溫、低壓的制冷劑液體吸收壓縮空氣的熱量而汽化（俗稱“蒸發”），而壓縮空氣得到冷卻后凝結出大量的液體水；蒸發器中的制冷劑蒸汽又被壓縮機吸走，這樣制冷劑便在系統中經過壓縮、冷凝、節流、蒸發這樣四個過程，從而完成了一個循環。  注意真空冷凍干燥機所處環境溫度不宜過低，以避免冷凍機油冷凝補充不及時，壓縮機缺油燒毀。
2、注意傾聽壓縮機運轉是否平穩，有無雜音；
3、每日檢查電子排水器，以免堵塞而失去排水作用。為延長排水器的使用壽命，每班至少排污一次；
4、注意干燥機入口溫度是否超過額定值；定期檢查冷媒高低壓力是否正常；
5、使用水冷冷干機時，當大氣溫度或水溫低于1℃時，冷干機停機時，必須擰開水冷凝器端蓋上的堵頭，放出水冷凝器中的冷卻水，以免冷卻水結冰損壞冷凝器；
6、空氣旁通閥在正常使用時須保持在全閉位置，必要時做適當調節。
另外特別注意冷干機啟停間隔時間不得低于3分鐘，有利于壓縮機的自我保護！