真空冷凍干燥機的工藝主要分為兩階段，一是冷凍階段，一是真空階段（也叫干燥或者升華階段）。很多人在使用凍干機的過程中認為冷凍溫度和干燥階段的真空越低越好，其實不然。

每種物料的特性不一樣，所以各自的結晶點業有所不同，凍干機的冷凍階段的冷凍溫度和捕水溫度主要根據物料自身特點來決定的，并非是越低越好，溫度過低浪費能耗，其次延長了物料在冷凍干燥機中時間。

干燥階段又可分為預干燥、一次干燥和二次干燥。各個階段的應用和所能達到的干燥程度主要取決于干燥工藝。

冷凍干燥機的預干燥是指主要去除自由濕氣的*階段干燥；

冷凍干燥機一次干燥是指主要去除自由濕氣的干燥階段，一次干燥只能在真空中進行；

冷凍干燥機二次干燥是指從冷凍干燥開始一直到*去除在固體聚合態中所含濕氣的干燥階段。